鳥の糞や巣は不快であるばかりでなく建造物、機械、塗装やサイン看板に被害をもたらします。
鳥の糞は元来強い酸性です。屋根に溜まるまま放置されている糞は素材を侵食し、雨漏りの原因となります。倉庫の屋根の寿命は太陽光と鳥の糞で半分に縮められます。
鳩、ムクドリ及びすずめの巣はよく雨樋や、水路のある屋根の隅の部分に作られます。何棟かの倉庫の屋根がこのことによって崩れ落ちるなど大きな被害を受けています。 水路が塞がれることにより水が溜まる事があります。屋根の崩壊は死者を出したり、廃業を余儀なくするほどの大きな損害をもたらします。
酸性である鳥の糞はエアコン装置、製造機器、羽目板や緩衝材などに多大な損害を与えます。機器類に対する損害ばかりでなく、周辺で働く人たちの健康も脅かします。
巣材は藁や小枝、乾燥した糞など燃えやすいものばかりです。鳥が電飾等の機器の中に巣を作ると火災の危険性は大きくなります。電飾関係者は電飾火災の原因の殆どが鳥の巣だとしています。
殆どの鳥の糞、特に鳩とカモメの糞は、保護コーティングを溶かし、塗装そのものを浸潤し、色褪せします。時にはボディを腐食させます。
鳩は破損したり最初から閉じられていなかった開口部から家屋、集合住宅、レストランなどの建造物の屋根裏に侵入することで知られています。鳩にとって安全な場所には殆どの場合巣を作り排泄物を撒き散らします。糞の重量が大きくなり天井が崩落します。この種のことは非常に稀な事だと考えられがちですが実際は多発しています。
一般的な人々の鳥類に抱く好意的な感情は害鳥に関連した健康被害に対する過小評価をもたらします。ネズミが屋根裏に住むことを絶対に許さない人でも屋根の垂木から入ってくる鳩は気にしません。しかしながら、病気や損害の観点から両者は同様に非衛生な存在です。
鳥の排泄物や鳥に汚染された表土が乾燥したりかき混ぜられたりして、微細な塵になって空中に浮遊します。これらの浮遊物には休眠状態のカビやバクテリアが含まれています。これらが吸い込まれると、暖かく、湿った肺の粘膜で感染菌が増殖します。この種の感染の一般的な症状はインフルエンザです。咳が出て熱があがり、呼吸が苦しくなり、全身の倦怠感などが2〜4日も続きます。
傷口や切り傷に糞便の粉塵や糞をつけてしまうと感染します。鳥の糞に覆われた古くさびてとがった針金のような物を扱う時に起こりがちです。 傷は赤くはれ化膿します。治療するのに抗生物質が必要なときもあります。血液への感染（敗血症）や体内感染が起こる場合もあり、重症や死に至る場合もあります。 万一怪我をしたり切ってしまったときは徹底的に洗い、消毒をして殺菌した包帯を巻き、感染をふせがなければなりません。
害鳥はダニ、毛ダニ、ノミやその他の外部寄生虫を宿しています。 寄生虫は感染した動物に噛み付いた時に細菌をその動物から受け、次の動物に噛み付く時に細菌を移します。寄生虫が宿主から血を吸うときに唾液を注入するのです。 ４０種類以上の寄生虫が鳥や巣、その他とりが集まる所に居る事が知られています。鳥達は数百のウィルスや病原菌の移動の仲介をしています。ペスト、脳炎、水疱瘡及び髄膜炎などの病気も含まれています。鳥が排除されると、宿主を失ったダニやノミは新しい宿主を住人に求めます。適切な害鳥防除は、寄生虫の駆除も含んでいます。
